Dieser Kinofilm stellt das eigentliche Ende der erfolgreichen science fiction TV-Serie dar. Halb ernst, halb lustig, werden die Abenteuer der erwachsenen Darsteller auf dem Raumschiff Nadesico erzählt. Hauptfigur ist Ruri Hoshino, die elektronische Elfe (sogenannt, weil sie mit Computern speziell gut umgehen kann). Sie ist jetzt selbst Kommandeur eines Raumschiffes und muss das Rätsel um heimtückische Überfälle auf die Allianz (Erde und Jupiter) untersuchen. Dabei muss sie als Undercover Agent die ehemaligen Mitglieder der alten Nadesico besuchen und sie überreden, am neuen Geheimprojekt mitzuarbeiten. Nach der Gründung der Allianz hatten die meisten Crew-Mitglieder die Nadesico wieder verlassen und sich häuslich auf der Erde niedergelassen. Bei einigen braucht es recht wenig Überredungskunst, bei anderen muss schon mal handgreiflich nachgeholfen werden.

Immer wieder werden Teile des Hisagi-Plans von fremden Raumschiffen angegriffen und was noch seltsamer ist, dass diese Leute scheinbar das Boson Jumping wann immer sie wollen durchführen können (wer mehr über die technischen Inhalte des Boson-Jumping wissen möchte, sollte sich unbedingt die Fernsehserie zu Gemüte führen). Noch komplizierter wird die Sache, als sich die Marskolonien für unabhängig erklären und zur Rebellion gegen die Allianz ausrufen. Mit der Zeit erkennt Ruri die Zusammenhänge und kann das Geheimnis um das mysteriöse Verschwinden von Akito und Yurika vor 6 Monaten lüften. Wer hier eine Fortsetzung der Liebesgeschichte von Akito und Yurika erwartet, liegt völlig schief. Gerade diese beiden Hauptfiguren aus der Fernsehserie sind hier zu reinen Statisten verkommen. Denn das ganze Geschehen konzentriert sich um Ruri Hoshino. Doch auch die Nebendarsteller werden köstlich in all ihren bizarren Formen dargestellt.